与主人公同一个学校的从小就认识的玉城麻衣子性格相当坚强，另一方面因为有主人公这样一个青梅竹马而变得犹犹豫豫。每天面对这样的女孩子，还要和班级的同学一起嘻闹，原本平凡的过着每一天。 直到有一天在月台的人一下子全部消失了。也就在那个时候主人公和迁凌碰面了。和这个在无人的世界唯一生存下来的少女相遇后，主人公的日常生活被破坏了。 接二连三的发生了很多不可思议的事情，这个世界是假的吗？还是说是自己的记忆有问题？同时面前又出现了迷之少女……所谓的潘多拉计划究竟是什么？世界的真实是怎么样的呢？