第1集：公元2205年，为歼灭企图改变历史的时间溯行军，由刀剑而生的刀剑男子们正在不断的拼死与之对抗。这天，本丸来了一位新的刀剑男子，他本是冲田总司的打刀大和守安定，安定来到这个本丸后仍无法忘记身为冲田总司佩刀时的记忆。主人下令安排六把刀去讨伐池田屋的时间溯行军，这次的队长就安排为安定。池田屋事件对安定的影响很深，他能带领其他五把刀剑男士去成功歼灭时间溯行军吗？

第2集：上次的池田屋讨伐没有成功，安定一直很自责，他认为这全是自己的责任。本丸新增了两位刀剑男子，打刀同田贯正国和太刀鹤丸国永。压切长谷部在早上的集会向大家介绍了两位，也希望他们能不辜负主人的希望去成功消灭时间溯行军。安排完今天的内番担当后，清光和安定带着两位新人刀剑男子去参观本丸。

第3集：平野找到了一片四叶三叶草，他想将这颗代表幸运的四叶草送给莺丸。一路上他遇见了很多状况，幸运四叶草换来换去最终换成了一盒南蛮点心，莺丸高兴的接下，用来配茶当茶点。本丸的院子里有棵未发芽的大树，大家都不清楚这到底是棵什么树。短刀们都希望这是一颗樱花树，于是刀剑男士们开始想法让这棵“樱花树”盛开鲜花。

第4集：安定最近总是做着同一个梦，他梦到当年总司带去池田屋的并不是清光而是他自己。这件事让安定耿耿于怀，他很想知道这梦究竟意味着什么。国广心心念念的“兼先生”和泉守兼定终于来到了本丸，国广开心的带着和泉守四处去熟悉环境。看到安定和清光在练习场练习剑道，和泉守决定让他们领悟一下自己作为刀剑男士重生的意义。

第5集：本丸突然下起了连绵细雨，这样一来换洗的衣服就没法晾干了。歌仙很发愁，在室内晾衣服的话很难干透，如果今天要出阵的话他们就只能穿半干的衣服出去了。药研提议借别人的战斗服来穿，试了一圈大家都看上了烛台切的私藏西装。歌仙很满意这样的服装，烛台切突然想到可以用这样的装扮来招待大俱利伽罗。

第6集：主人发烧了，这让长谷部惊慌失措，他认为都是自己没有照顾好主人才会变成这样。清光和安定今天要去江户执行远征任务，药研说江户一带有可以治愈主人的草药，清光和安定立刻决定去为主人采集草药。为了让主人好好养病，烛台切提议为主人做一顿好吃的。长谷部和烛台切在厨房忙活了一阵，为主人做了一碗好吃的砂锅乌冬面。

第7集：太刀江雪左文字也来了，左文字三兄弟终于再聚首，小夜子开心不已。夏天到了，本丸的大家要去海边玩耍了，第一次接触大海的刀剑男子既兴奋又享受，爱美的清光还不忘记涂防晒霜。随后，粟田口家族的大哥一期一振终于出场，为了欢迎一期哥的到来，大家化身爱抖露组合AWT48。

第8集：日本号、蜻蛉切和御手杵都到齐了，三枪聚首。日本号不喜欢老虎，因此和五虎退关系很紧张，但两人其实很想搞好关系。日本号为了送青鸟给五虎退，三枪齐上阵，本丸最强杂技团登场，然而还是被一只鸟无情地鄙视了。白天的欢乐后迎来深夜，本丸灭鬼战队集结，闹鬼的真相究竟是？

第9集：本丸今天来了新的太刀狮子王，他原是源赖政使用的佩刀。鸣狐特地做了油炸豆腐招待大家，三日月夸他很会照顾老人，狮子王见状想到了什么转身就去找鹤丸商量。原来狮子王想讨得老人家的欢心，三日月见多识广，狮子王想要讨得欢心并不容易，鹤丸会想出什么办法来帮助狮子王呢？

第10集：明石国行加入了本丸，但他懒懒散散的态度实在让人无法对他产生好感。为了帮助国行更快的融入本丸这个大家庭，萤丸和国俊好心为他制定了“亲切作战”，但是国行却完全提不起兴趣。不耐烦的国行丢下苦口婆心的萤丸和国俊说要去厕所，但是迟迟都没有回来。就在这时，院子里四处都遭到了破坏，这会不会是国行干的呢？

第11集：长曾祢虎彻来到本丸之后每日都自觉的进行训练，陆奥守吉行好奇这位昔日的敌对，来到道场观摩长曾祢练习剑术。曾为敌对关系之人的刀，如今获得肉体再次相遇，这也是一种缘分。但是两位刀剑男士都对自己的原主人怀有深深的敬意，所以一见面就针锋相对。本丸里的大家都很欢迎长曾祢的到来，但是蜂须贺虎彻却对这位所谓的“大哥”表示不屑，这究竟是为什么呢？

第12集：短刀们无意间发现以前大家一起出游的照片里，只有大和守的图像莫名消失了。大家一起翻查相册，结果所有的照片里都没有大和守的身影，这到底是怎么回事呢？一期安慰短刀们说这可能是本丸里哪个捣蛋鬼的恶作剧，但事实上好像没有这么简单，这或许跟大和守之前的情绪不稳定有着什么联系。