第1集：人类和冥兽的战争，迪斯坦尼亚战争结束后3年。当时身为大战英雄的大鸟居明日香已从魔法少女退役，并作为一般的女子高中生普通的生活着。但某日街上发生了恐怖攻击。

第2集：再度变身成魔法少女，从恐怖份子手中救出朋友的明日香。这样的她，得知了同样曾是Magical Five的梦源胡桃的消息。并知晓了此时的胡桃仍在持续战斗着。

第3集：为了欢迎转学来的胡桃，明日香和朋友们一起去泳池玩耍。明日香远离了作为魔法少女战斗的日子，沉浸在平稳的生活中，可是……

第4集：希美被阿比格露一伙人监禁并拷问。知道了希美被绑架后的明日香虽然很焦急，但偏偏公安和M班却都无法出动。得知此事的明日香她……

第5集：明日香在魔术佣兵二人组的面前苦战着。另一方面，因为有胡桃的应急处理，希美捡回了一命。但是，希美所背负的伤痛，超越了外伤开始侵蚀她的精神。

第6集：追查巴比伦旅团的情报而来到日本的的米亚，和朱莉娅、亚伦一起进行潜入调查。另一方面，明日香在附近的七夕祭典当中，遇见了名为桑迪诺的直爽女性。

第7集：加入M班的明日香，第一个任务是前往北海道和俄罗斯的黑手党战斗。虽然疑似Magical Five的塔玛拉与其有关，但明日香还是出动前往现场。

第8集：在冲绳遭受父亲虐待的少女，与那岭千里。某一天，巴比伦旅团的基思让她成为了魔法少女。同一时间，明日香她们也朝着冲绳出发。

第9集：随着SIX NAHA即将开始，从位相次元桥中出现的是，妖精国家梅莉波可的达彼拉将军。但于此同时也出现了把她当作目标的巴比伦旅团的基思，和来自冥兽军团的袭击。

第10集：希美和纱绫子被卷入了街道上与冥兽间的战斗，在前线和敌人挺身战斗着的米亚和塔玛拉，以及众多逝去的士兵们。最后剩下的明日香和胡桃的战斗，现在也正要开始。

第11集：胡桃对千里，明日香对基思，激烈的战斗还在持续着。明日香对付作为对魔法少女专用兵器改造而成的基思，正陷入苦战中时，饭冢开始了行动。

第12集：结束了Six Naha的战斗后，明日香再度想起了3年前的大战时，魔法少女们所说过的话语。“这场战争结束以后……”魔法少女，明日香说出的答案是……